Управление – аппарат директора

начальник отдела планирования и обеспечения деятельности руководства
старший специалист 1 разряда отдела анализа и оценки эффективности деятельности Службы
начальник организационно-инспекторского отдела

Управление кадров и противодействия коррупции

заместитель начальника управления
заместитель начальника управления – начальник отдела противодействия коррупции
консультант отдела противодействия коррупции
ведущий специалист-эксперт отдела противодействия коррупции
старший специалист 1 разряда отдела эксплуатации объектов и снабжения

Управление эксплуатации информационных систем

консультант отдела внедрения и сопровождения программных систем

Управление развития информационных систем

консультант отдела управления ИТ-проектами
главный специалист-эксперт отдела информационно-методического обеспечения
заместитель начальника отдела программного обеспечения
главный специалист-эксперт отдела программного обеспечения

Управление по противодействию отмыванию доходов 

заместитель начальника отдела инициативных финансовых расследований
ведущий консультант отдела инициативных финансовых расследований

Управление по работе с бюджетной сферой

начальник отдела мониторинга госконтрактов
специалист 1 разряда отдела сводного анализа

Управление организации надзорной деятельности

ведущий специалист-эксперт отдела отчетности и планирования проверок
советник отдела взаимодействия с надзорными органами и частным сектором

Управление международных связей

специалист-эксперт отдела организационного обеспечения международной деятельности
консультант отдела международных экспертов

Управление по противодействию финансированию терроризма 

специалист-эксперт отдела финансового анализа и инициативных финансовых расследований
главный специалист-эксперт отдела финансовых расследований
консультант отдела мониторинга групп рисков и приоритетных направлений деятельности

Управление координации и взаимодействия

заместитель начальника управления – начальник отдела по взаимодействию с органами государственной власти
начальник отдела координации межрегиональных финансовых расследований
консультант отдела координации межрегиональных финансовых расследований
заместитель начальника отдела координации работы на приоритетных направлениях деятельности
консультант отдела координации работы на приоритетных направлениях деятельности
специалист-эксперт отдела координации работы на приоритетных направлениях деятельности

Управление макроанализа и типологий

начальник отдела макроаналитических исследований и оценки рисков
консультант отдела макроаналитических исследований и оценки рисков
консультант отдела первичного анализа рисков финансовых операций

Юридическое управление

специалист-эксперт международно-правового отдела
заместитель начальника нормативно-правового отдела
заместитель начальника нормативно-правового отдела
главный специалист-эксперт нормативно-правового отдела
консультант отдела гражданско-правовой работы и правового обеспечения финансово-хозяйственной деятельности

Финансово-экономическое управление

заместитель начальника управления