Управление – аппарат директора

начальник отдела планирования и обеспечения деятельности руководства
начальник организационно-инспекторского отдела

Управление кадров и противодействия коррупции

заместитель начальника управления – начальник отдела противодействия коррупции
начальник отдела подбора и развития персонала
заместитель начальника отдела противодействия коррупции
ведущий специалист-эксперт отдела противодействия коррупции
начальник отдела эксплуатации объектов и снабжения

Управление эксплуатации информационных систем

консультант отдела внедрения и сопровождения программных систем

Управление развития информационных систем

консультант отдела управления ИТ-проектами
главный специалист-эксперт отдела информационно-методического обеспечения
заместитель начальника отдела программного обеспечения
главный специалист-эксперт отдела программного обеспечения

Управление по противодействию отмыванию доходов 

заместитель начальника отдела первичной проверки
ведущий консультант отдела инициативных финансовых расследований
главный специалист-эксперт отдела инициативных финансовых расследований

Управление по работе с бюджетной сферой

начальник отдела мониторинга госконтрактов
заместитель начальника отдела мониторинга госконтрактов
специалист 1 разряда отдела сводного анализа

Управление организации надзорной деятельности

заместитель начальника управления
ведущий специалист-эксперт отдела отчетности и планирования проверок
советник отдела взаимодействия с надзорными органами и частным сектором
специалист-эксперт отдела оценки эффективности

Управление международных связей

специалист-эксперт отдела организационного обеспечения международной деятельности
консультант отдела международных экспертов

Управление по противодействию финансированию терроризма 

специалист-эксперт отдела финансового анализа и инициативных финансовых расследований
главный специалист-эксперт отдела финансовых расследований
главный специалист-эксперт отдела мониторинга групп рисков и приоритетных направлений деятельности

Управление координации и взаимодействия

заместитель начальника управления – начальник отдела координации работы на приоритетных направлениях деятельности
начальник отдела координации межрегиональных финансовых расследований
консультант отдела координации межрегиональных финансовых расследований
заместитель начальника отдела координации работы на приоритетных направлениях деятельности
специалист-эксперт отдела координации работы на приоритетных направлениях деятельности
главный специалист-эксперт отдела по взаимодействию с органами государственной власти

Управление макроанализа и типологий

начальник отдела макроаналитических исследований и оценки рисков
консультант отдела макроаналитических исследований и оценки рисков

Юридическое управление

советник международно-правового отдела
заместитель начальника нормативно-правового отдела
консультант отдела гражданско-правовой работы и правового обеспечения финансово-хозяйственной деятельности

Финансово-экономическое управление

заместитель начальника управления